Az iskola első hivatalos okirata- a Szentvizítációs jegyzőkönyv-1746-ból való, amely utalásokat tartalmaz az iskolára vonatkozóan. A múltban római katolikus iskolaként működött. 1855-től VI. osztályos,1922-től VII. osztályos iskolaként. Az általános oktatás mellett 1946-1948-ban egységes gimnázium is létezett, az 1957-1959 –es időszakban beindul a líceumi oktatás, amelyet 1959-1960-as tanévtől a szentkeresztbányai iskolához helyeztek át. 1964-től VIII. osztályos általános iskolaként működik napjainkig .
1990. június 13-án iskolánk ünnepélyes körülmények között felvette a Mártonffi János nevet. Mártonffi János szentegyházi születésű csíkkozmási plébános, aki 1844, 1845, 1860, és 1864-ben tett alapítványaival fellendítette az iskola tevékenységét, és hozzájárult az 1878-ban épült iskola anyagi (építési) feltételeinek létrehozásához.
Az oktatás négy iskolaépületben, sportteremben, illetve iskolai könyvtárban működik több, mint 500 tanulóval, 43 pedagógussal és 10 személyzettel az adminisztrációs részlegen.
Az iskolában intenzív kulturális élet folyik. Az iskolai kórusból alakult ki a ma már nemzetközi szintű Gyermekfilharmónia. Szavaló gyermekeink is elismerést vívtak ki. A sport által elért eredmények jogos büszkeséggel töltenek el mindannyiunkat.
Intézményünkben három egyesület működik: a Kis Nárcisz Egyesület, a Mártonffi János Egyesület és a Mártonffi János Sportegyesület, amelyek létrehozásának célja a minőségi oktatás támogatása.
Tanintézményünkben magas szintű minőségi oktatás folyt illetve folyik. Ezt bizonyítja, hogy a középiskola befejezése után nagy számban végeznek egyetemi- illetve főiskolai tanulmányokat diákjaink. A tanulás mellett nagy hangsúlyt fektetünk arra is, hogy lehetővé tegyük tanulóinknak tehetségük kibontakoztatását és fejlesztését a kulturális- illetve a sportélet területén.
